Tuy nhiên, Thôi Dận lại bí mật cầu viện Tuyên Vũ[chú 6] tiết độ sứ Chu Toàn Trung, đề xuất với quân phiệt này rằng ông ta có thể giành được vị thế khi sửa sang cung điện ở đông đô Lạc Dương và thỉnh cầu Đường Chiêu Tông dời đô về Lạc Dương. Chu làm theo ý của Thôi Dận, ngoài ra cũng huy động binh sĩ. Biểu do Chu Toàn Trung dâng lên Đường Chiêu Tông cũng nói rằng Thôi Dận là một bầy tôi trung thành với Hoàng đế, vì thế không nên bị cử đến phương trấn. Hàn Kiến lo sợ sẽ bị Chu Toàn Trung tiến đánh nên rút lại đề xuất, Đường Chiêu Tông sau đó giữ Thôi Dận ở lại trong triều và lại cho ông làm Đồng bình chương sự, cùng Thôi Viễn. Thôi Dận không hài lòng vì Lục Ỷ từng thay thế mình, sau đó liền vu cáo Lụ Ỷ là một đồng minh của Lý Mậu Trinh, kết quả là Lục Ỷ bị phái đi làm Hạp châu [chú 7] thứ sử, đồng nghĩa với bị đi lưu đày.[9]

Thôi Dận tiếp tục giữ chức tể tướng cho đến năm 899, tức khi Đường Chiêu Tông trở về Trường An. Sau đó, Thôi Dận chuyển sang đảm nhiệm chức Trung thư thị lang và Lại bộ thượng thư; Lục Ỷ nay nhập triều và được thay thế chức tể tướng của ông.[10] (Trong nhiệm kỳ làm tể tướng 896-899, Thôi Dận bí mật lập mưu cùng Hoàng đế đồ sát các hoạn quan. Vương Đoàn lo sợ trước hậu quả của hành động này nên đã kêu gọi tiết chế. Khi Thôi Dận bị bãi chức tể tướng vào năm 899, ông cáo buộc Vương Đoàn đứng đằng sau hành động bãi chức này và từ đó kết thù oán với Vương Đoàn; ông cũng cáo buộc Vương Đoàn liên kết với các xu mật sứ Chu Đạo Bật (朱道弼) và Cảnh Vụ Tu (景務脩).)[11]